1963 yılında Kayseri'nin Hacılar ilçesinde dünyaya gelen Mustafa Boydak, ilk, orta ve lise öğrenimini Kayseri'de tamamladı. 1983 -1987 yılları arasında Muğla Üniversitesi İşletmecilik Yüksek Okulu İşletme Yönetimi Bölümü'nü iyi dereceyle bitirdi. Üniversite eğitimini takiben HES Kablo bakır üretim biriminde iş hayatına atıldı.  

1989 yılında askerlik görevini 8 ay, kısa dönem olarak, Denizli ve Manisa'da tamamladı.1990 yılının Mart ayından itibaren de HES Kablo'nun satın alma ve dış ticaret bölümlerinde yönetici olarak, 1994 yılı sonuna kadar görev yaptı. 1994 yılı sonunda Boydak Ailesi'nin, ticari ve sinai faaliyetleri kapsamında, yeni kurulan Merkez Çelik A.Ş.'de Yönetim Kurulu Başkanlığı görevini üstlendi. Bu sürede yine Grubun birçok şirketinde yönetim kurullarında üyelik ve başkanlık görevlerinde bulundu.

1999 yılında eski adıyla HES Grubu'nun ortaklık yapısının değişmesiyle birlikte, HES Kablo Genel Müdürlüğü ve Anadolu Finans Kurumu Yönetim Kurulu Başkanlığı görevlerini üstlendi. Grubun, Boydak Holding olarak yeniden yapılanması üzerine HES Kablo Genel Müdürlüğü'nden Yönetim Kurulu Başkanlığı'na getirildiler. Halen bu iki görev ile birlikte Boydak Holding Yönetim Kurulu Başkan Vekili ve grubun birçok şirketinde yönetim kurulu üyesi olarak görevlerine devam etmektedirler.

1998 den beri Türkiye Sanayici ve İşadamları Derneği'nin (TÜSİAD) üyesidir. 6 Mart 2005 tarihinde yapılan Kayseri Sanayi Odası seçimleri sonucunda Yönetim Kurulu Başkanlığı'na seçilmiş; bu göreve 15 Mart 2005 tarihinde resmen başlamıştır. Aynı zamanda birçok mesleki kuruluşta da üyelikleri bulunan Mustafa Boydak İngilizce bilmektedir. Evli ve 5 çocuk babasıdır.